幕府统治下，神秘宗教白莲教煽动民众，暗中策划反抗幕府。狐之集团当主石动律花为查明白莲教的真实目的展开调查，并在行动中遇到奉将军之命前来的风魔忍者小乔。两人发现，彼此追查的目标指向同一个敌人：由服部半藏率领的伊贺忍者。伊贺忍者对德川家怀有深重怨恨，企图推动势力复兴。面对逐渐扩大的阴谋，律花与小乔及各自的同伴被迫并肩作战。狐之集团、风魔忍者和伊贺忍者之间的冲突由此升级，一场围绕幕府与忍者势力的战争正式展开。